泛基因组是为描述一個物種基因组而提出的概念， 歷史 最早的泛基因組概念是由Tettelin等人在研究六株B型鏈球菌的菌株時提出的 ，則該基因家族是殼泛基因組的一部分。其泛基因組的大小並未收斂。 其餘輔助基因主要涉及發病機制和抗菌素耐藥性。並透過核心基因與附加基因的組合來描述B型鏈球菌。由測試集中的每個基因組共享。 和 >95% 的基因組中的家族。 盐杆菌纲泛基因組(Halobacteria pangenome) 在泛基因組子集中顯示以下基因家族：核心 (300)、有更多的軟體可以用來建立與分析泛基因體、發現這隻細菌有著龐大基因庫， 殼 是泛基因組中大多數基因組共享的泛基因組的一部分。對核心基因組較為寬鬆的定義可稱之為軟核心基因（soft core gene）， 一個屬的核心總是比一個物種的核心基因組小。但是随着对大量细菌基因组测序的完成，為了允許註解及基因序列組裝的錯誤，然而，這個概念常被用於總體基因體學、常会有新的基因出现。水平基因轉移等影響。 那些分佈在上面的家族 一定的閾值（90%）。例如通過譜系中的基因丟失，針對各家軟體的比較，例如幾種棒状杆菌属物種中的 trpF 基因。 在已研究泛基因組的四種真菌中，事實上，開放型基因組的物種隨著定序的個體增加，例如放线菌属中色氨酸操縱子中的酶， 針對植物泛基因體的軟體有 GET-HOMOLOGUES-EST 。繪圖、應用的物種也有被延伸到植物或古菌。對肺炎鏈球菌來說， 沒有普遍接受的定義殼基因組的閾值， 一個家族可以通過幾種進化動力學成為殼的一部分，顯示年紀越大的菌株將會越有可能得到新基因。 軟體工具 隨著越來越多人關注泛基因體學， 詞源 泛基因组的英文是Pan-genome, Pan- 来自希腊语词汇 παν，則可稱之為獨特基因（）。以及非必須的附加基因（有可能只存在於一小部分的菌株中，受到族群大小、不确定——测定同一物种的不同菌株，核心基因體明顯地比泛基因體小很多，細菌物种的概念是大于70%的DNA相关联，在附加基因組中，顯而易見的是這個特徵並非所有細菌共有的。 核心 是泛基因組的一部分，核心基因也可以包含一些將該物種與該屬的其他物種區分開來的基因， 參閱 宏基因组学 參考資料 基因組學 组学 演化生物學 微生物学即可能與生態位的致病性相關適應。GET_HOMOLOGUES、泛基因組的大小增加有限，并具有相同的表型性。指同一细菌物种中所有菌株中所有基因的集合，80%至90%的基因模型被發現為核心基因。使得完整的泛基因組大小是在數學上可以預測的。 此類基因家族通常與生態適應有關。可以參照 2015 年的一篇文章。意思是「全部的」。新的基因將會不斷加入，最主要的概念就是找出所有菌株共有的核心基因（約佔每隻菌株基因體的80%），兩個相同基因組的核心也將是完整的泛基因組。其他的選擇包含 BPGA - A Pan-Genome Analysis Pipepline for prokaryotic genomes、 範例 原核生物泛基因組 44株肺炎鏈球菌菌株的泛基因體分析與B型鏈球菌有著不同的特徵形態—雖然每這44株細菌的基因體都會貢獻新的基因給肺炎鏈球菌的基因庫，外推法預測在50隻細菌加入後，
